Hábitat del que se asilará el microorganismo

Al ser el motivo de estudio encontrar la bacteria Clostridium botulinum en una muestra de alimentos, se buscará hacer el aislamiento de una muestra alterada o contaminada de alimentos sospechosos, buscando que sea una muestra en condiciones higiénicas deplorables o también se puede hacer el muestreo a partir de alimentos enlatados, donde la probabilidad de encontrarlos es mayor debido a la condición de anaerobiosis. También se tiene que buscar que sea un alimento con un pH poco ácido, para que se encuentre en las condiciones óptimas de supervivencia del microorganismo y se requiere que el alimento no haya sido expuesto a altas temperaturas por tiempo prolongado.

Cuando están involucrados alimentos comerciales, es importante observar la etiqueta, número de lote del fabricante, o cualquier dato relevante que pueda identificar el origen de la muestra.